Deux nouvelles lignes voient le jour : la S2 Olten–Bâle CFF–Mulhouse et la S4 Laufen–Bâle CFF–Saint-Louis. Elles remplacent le TER Mulhouse–Bâle CFF et l’ancienne S3. Les nouvelles gares de Dornach Apfelsee et Bâle Neuallschwil desservent des zones en plein développement.
| Principaux avantages | Déplacements sans correspondance entre la France et la Suisse 2 nouveaux arrêts |
| Lignes concernées | S2, S4 |
| Introduction prévue | 2030 |
33 nouveaux véhicules de type Flirt Evo France seront mis en service à partir de décembre 2030, ce qui permettra également d’améliorer l’horaire. À la place de la S3 et du TER Mulhouse-Bâle, deux lignes transfrontalières et continues de RER seront mises en service : la S2 circulera d’Olten à Mulhouse via Bâle CFF, la S4 de Laufon à Saint-Louis via Bâle CFF. De nombreuses nouvelles liaisons directes seront ainsi créées entre l’Alsace et la Suisse du Nord-Ouest. Le tronçon central entre Bâle CFF, Saint-Jean et Saint-Louis sera particulièrement renforcé, les lignes S2 et S4 se superposant pour permettre la circulation de quatre RER par heure, en plus des TER200 en service sur la ligne Bâle CFF–Saint-Louis–Strasbourg.
Deux nouveaux arrêts seront en outre desservis par les lignes S2 et S4. L’arrêt Dornach Apfelsee profitera au quartier sud de Dornach où se trouve par ailleurs la grande zone de développement de Wydeneck. Situé près du nœud du Morgartenring, l’arrêt Basel Neuallschwil offrira un accès direct au RER à la commune densément peuplée d’Allschwil et au quartier de Bâle Ouest. Grâce à leur potentiel élevé en termes de fréquentation, ces arrêts supplémentaires raccourciront de nombreux trajets et renforceront l’attractivité des nouvelles lignes de RER.